Etwa 900 Gläubige gehören zur Pfarrei Flühli, die auf das Jahr 1782 zurückgeht. Damals setzte sich der Schüpfheimer Pfarrer Josef Xaver Schnider von Wartensee dafür ein, dass das Gebiet hinter Klusstalden einen Seelsorger erhielt und eine eigene Pfarrei wurde. Grund dafür war insbesondere der Umstand, dass der Kirchgang in den Wintermonaten für die Gläubigen unzumutbar war.

Seit dem Tod von P. Ezechiel Britschgi OFMcap im Jahr 2006 war die Pfarrstelle vakant. Mit Kaplan Simon Zihlmann von Schüpfheim blieb die Seelsorge aber sichergestellt. Für die Gottesdienste gibt es schon länger eine gemeinsame Planung mit Schüpfheim und Sörenberg, die auch im Pastoralraum weitergeführt wird.

Viele Gläubige engagieren sich in verschiedenen Diensten für die Gottesdienstfeiern. Es steht ein Pfarreiheim zur Verfügung, in dem auch der Jugendtreff Reggy beheimatet ist. Die Pfarrei ist über die Katechese in der Schule präsent.